尽管如此，道教在新创这些神灵时，仍然脱离不了传统文化的影响，仍然要汲取中国已有的文化养料。三清尊神之一的元始尊的塑造就是具体的例证。元始尊最早的雏形是元始王，首见于南北朝所出的《元始上真众仙记》。该书云： “昔二仪未分，……地日月未具，状如鸡子，混沌玄黄，已有盘古真人，地之精，自号元始王游乎其郑……经四劫，形如巨盖，……复经四劫，二仪始分，相去三万六千里。……元始王在中心之上，名曰玉京山。”复经二劫，忽生太元玉女。元始王与之通气结精，而生扶桑大帝东王公与西王母，再生皇，皇生地皇，地皇生人皇，伏羲、神农等五帝是其后裔云云。很显然元始王是地万物人类的始祖神，脱胎于盘古神话。
盘古神话最早见于三国吴人徐整之《三五历纪》，此书已佚，《太平御览》卷二引有其中一则文字：“地浑沌如鸡子，盘古生其郑万八千岁，地开辟，阳清为，阴浊为地。盘古在其中，一日九变，神于，圣于地。日高一丈，地日厚一丈，盘古日长一丈。如此万八千岁，数极高，地数极深，盘古极长。后乃有三皇。”
两相对比，模仿之迹，显然可见。其他对三官大帝、酆都大帝、玉皇大帝的塑造，无不借助于古已有之的神话传。
神仙谱系阵容的庞大，也是华夏历史进程的另一种诠释。和华夏历史一样，神仙谱系的造构与编辑也经历了一个由少到多和由纷杂无序到较有系统的演变过程。
汉魏两晋是道教神仙谱系的初创时期。
其早期经典《太平经》既确定神仙、真人为崇拜对象，又将儒家的圣人、贤人纳入神仙谱系，将它们分为六等：“一为神人，二为真人，三为仙人，四为道人，五为圣人，六为贤人。”谓“此皆助治也。神人主，真人主地，仙人主风雨，道人主教化吉凶，圣人主治百姓，贤人辅助圣人，理万民录也，给助六合之不足也。”此时的神仙谱系比较粗疏，呈现初创时期的原始状态。这时期活动的主要道派五斗米道，除称老子为太上老君，又造构了、地、水三官，此外，则不见造构他神。这与当时五斗米道不重视偶像崇拜有关。如张鲁（或云张陵）所作《老子想尔注》十分强调《老子》道“无名”、“无象”的观点，反对给“道”取姓名，设状貌，因此，这时期所创神灵是很少的。
南北朝是道教大量造构神仙和进行初步整理的时期。
陆修静在改造南师道（原五斗米道）时，仍然坚持三张传统，认为“大道虚寂，绝乎状貌。”道士祀神的主要场所“靖室”应该注重“清虚”，“洒扫精肃，常若神居，唯置香炉香灯、章案书刀而已。”
但寇谦之在改造北师道时，却与此观点完全相反。一方面借太上老君之名，自立“师之位”，表示仍尊太上老君为该教教主，另方面，又另造新神，为其神权张目。除制造太上老君之孙李谱文授予《录图真经》神话外，“又言二仪之间有三十六，中有三十六宫，宫有一主。
南朝梁道士陶弘作《真灵位业图》，意欲将此杂乱无章的诸多神灵，清理出一个较有次序的谱系来。他根据世俗“朝班之品序”和“高卑”原则，将五百多名神、地只、仙真、人鬼，用七个阶次组织排列起来。第一中位（即第一神阶，下同）以玉清元始尊为主神，第二中位以玉晨玄皇大道君为主神，第三中位以太极金阙帝君为主神，第四中位以太清太上老君为主神，……最后第七中位以酆都北阴大帝为主神。每一中位之下，分列左位、右位、女真位、散位、地仙散位，分别容纳若干神、地只、仙真、人鬼，编制出道教史上第一个神谱。
虽然此神谱并未完全系统化，但它将十分庞杂的神仙群纳入七个系列，无疑比原来的漫无统序前进了一大步，并为后来的神谱编制奠定了基础。
南北朝神谱整理中还有一个各派所奉最高神不一致，需要加以协调的问题。五斗米道（师道）、楼观道一直奉太上老君为最高神，而上清派、灵宝派则奉元始尊、太上大道君（或称灵宝尊）为最高神。这种情况也是不利于道教传播的。一些道士乃仿照佛教的“三身”，将各派所奉的最高神糅合在一起，组成能共同接受的最高神，此即后来的三位一体的最高神“三清”。陶弘景的《真灵位业图》即表现了这种倾向。其第一中位元始尊之下，所列全为“帝”、“道君”、“元君”，并无地只、人鬼；而第二中位玉晨大道君之下，则纳入了魏华存、许穆、许翙等上清派创始人；第三中位金阙帝君之下，纳入了徐来勒、葛玄等灵宝派所尊的创始人；第四中位太上老君之下，纳入了以张陵为代表的师道创始人。四个中位综合成一个最高神，即可解决各派原有的矛盾。事实上，这四位主神的名目和突出地位，已经具备了其后“三清”的特征，它实为“三清”的雏形。因此，《真灵位业图》在道教神谱形成过程中，具有重要的历史意义。
隋唐五代是三清最高神地位最后确立和神仙谱系继续编定时期。
唐代崇奉道教，尊祖老子，封老子为“玄元皇帝”、“圣祖大道玄元皇帝”、“大圣祖高上大道金阙玄元皇大帝”，圣祖庙（老子庙）遍及下。因此，唐代前、中期道教宫观中，仍只有元始尊殿或老君殿，而无三清殿。中叶以后，三清殿、三清观之名始见于记载。徐铉《筠州清江县重修三清观记》载，该观原为纪念吴（猛）、许（逊）二真君而作，始为草堂道院，“年世弥远，增修益崇。如杜光庭《道门科范大全集》卷一至卷三，在三清之后所列神灵为：玉皇、紫微大帝、北斗九星君、三官、五帝、九府四司诸君、六十甲子本命星君、玄中大法师、三大法师等；卷四至卷六则列：高上玉皇、三十六帝、东华、南极、西灵、北真、玄中大法师、三大法师、日月九曜、南辰北斗、三官、五帝、本命星君、东岳司命、名山洞府得道神仙、三界应感一切真灵等。
两宋是道教神仙谱系最后编定时期。
北宋真宗、徽宗是着名的崇道皇帝，他们搞了很多降神和赐的闹剧。为了醮神的需要，曾命令大臣和道士整理道教醮仪，《宋史·王钦若传》记王钦若曾撰着《列宿万灵朝真图》《罗大醮仪》等。《历世真仙体道通鉴·林灵蘁传》载林灵素曾“被旨修正一黄箓青醮科仪，编排三界圣位，校正丹经子书。”林灵素所作的“编排三界圣位”的工作，对道教神仙谱系的最后定型起了重要作用，南宋金允侄上清灵宝大法》编制的黄箓大斋醮神名单即据此改成，其卷三十九所列三百六十分位神仙名单，按其性质、品第，可分为以下十一个等次：（1）三清、四御；
（2）南极仙翁、东极救苦尊、木公道君、金母元君及三十二帝；
（3）十太一、日月五星、北斗、二十八宿星君；
（4）五帝、三官、四圣；
（5）历代传经着名法师；
（6）魔王、神王、仙官；
（7）五岳及酆都地府诸神；
（8）扶桑大帝及水府诸神；
（9）枢院、驱邪院雷府等部主宰及诸神；
（10）各种功曹、使者、金童、玉女、香官、吏役等；
（11）城隍、土地及所属神众。当然道教各科仪书所载神仙系统并不完全统一，但南宋留用光《无上黄箓大斋立成仪》、宁全真传授之《灵宝领教济度金书》等所载神仙系统，其主要神箓及其等次皆差别不大，故金允侄上清灵宝大法》所载不失为神仙谱系的代表，是道教神仙谱系最后编定的标志……
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