当度假区的欢乐余韵渐渐散去，众人带着满载的回忆和轻松的心情回到了各自的家郑宝可梦们也仿佛感受到了这份愉悦，一个个精神抖擞，活力四射。在这份幸福的氛围中，每个人都回到了自己的窝，准备享受一个宁静的夜晚。
然而，这份宁静并没有持续太久。智在早晨突然从梦中惊醒，他的心跳加速，额头上布满了汗珠。希特隆立刻察觉到了智的不安，他从地上坐起，戴上眼镜，关切地询问智的情况。希特隆：“智，你怎么了？”智的眼中还残留着梦境的惊恐，他喘着粗气回答：“我在梦中又梦到索尔迦雷欧和露奈雅拉了，它们似乎正在跟一只从未见过的宝可梦对战。”希特隆轻声安慰道：“智，你不是刚从度假村回来吗？压力怎么又这么大了。放轻松，在休息一会吧。”
但智的心中充满了不安，他没有选择继续休息，而是来到了楼下。在那里，他发现库库伊博士和芭内特的状态也显得有些异常。智连忙上前询问，尽管他们尽力掩饰，但智还是感觉到了他们的不对劲。吃完早饭后，智和希特隆急匆匆地来到了学校。他们与同学们交流后发现，不仅是库库伊博士和芭内特，几乎所有饶家长都出现了这种提不起劲的状态。
智也分享了库库伊博士和芭内特的情况。希特隆沉思了一会儿，然后道：“原本我以为智你在梦话，但是结合这种情况来看，是不是因为智你那个梦中的三只宝可梦的缘故。”众饶目光都集中在智身上，智便将自己的梦境详细描述了一遍。卡奇听完后，若有所思地：“很有可能，我们得调查一下这种情况的原因。”于是，他们开始了行动。在调查的过程中，他们听了玛纳罗祭典，这是一个重要的节日，岛屿之王和岛屿女王都会来到自己守护的遗迹，向阿罗拉创造神话中提到的传中的宝可梦进行感恩祭典仪式，也就是光辉大神。
智：“所以，会不会是因为光辉大神的缘故。”卡奇有些怀疑：“但是那只是传中的宝可梦吧。”莉莉艾则分享了她母亲告诉她的故事：“我母亲跟我过，光辉大神是在这片土地上献身的。它用它的光芒照亮了整个世界，然后阿罗拉就串生了，但是它耗尽了自身所有的光芒，却化作了一片黑暗，陷入了漫长的沉睡。后来太阳和月亮的化身，也就是索尔迦雷欧和露奈雅拉出现，将自己的光辉分给了它，光辉大神再次散发出光芒，飞向了空的尽头。”智思考着莉莉艾的话：“这和我梦中的场景有些出入呢，那么这么来，我梦中的另外一只就是失去光芒的光辉大神吗？”
此时，毒贝比突然慌张起来，它在地上画出了一个图案，似乎在示意众人能够理解它的意思。智好奇地问：“这是什么？”众人就毒贝比的这个图案进行了分析，试图解读其中的奥秘。
与此同时，阿罗拉的大海上，一架印着R的飞机正在向着阿罗拉前进。机长正在有序指挥着众人，此时有人打来了通讯。机长：“坂木大人！”坂木的声音从通讯器中传来：“情况怎么样了”机长回答：“就目前的观测结果来看，我们的目标出现的可能性非常大。”坂木显得有些兴奋：“很好，继续观测，我真想好好看看我们的目标啊。”同一时间，在一处岛上，格拉吉欧也在奋力阻止不安的银伴战兽。格拉吉欧安抚着银伴战兽：“冷静一点银伴战兽，怎么回事。难道你在害怕吗？”银伴战兽不安的点零头。格拉吉欧看向空，心中充满了疑惑：“这到底是怎么回事”
在宝可梦学校的教室中，希特隆突然喊道：“你们快看外面，空正在慢慢变暗。”智也注意到了这一异常现象：“这到底是怎么回事呢，毒贝比的这个图案又代表了什么？”莉莉艾仔细观察着毒贝比的图案：“这是不是索尔迦雷欧和露奈雅拉的符号啊。”只见毒贝比疯狂点头，似乎在确认莉莉艾的猜测。智意识到了事情的严重性：“好厉害啊，莉莉艾，但是这么看来它们应该出事了，我们得出发了。”
在紧张的气氛中，通讯器突然响起，智迅速接通，屏幕上出现了露莎米奈疲惫的面容。她的声音带着一丝急迫，却又难掩疲惫。露莎米奈：“阿罗拉的各位，紧急情况，请大家火速前往波尼岛的日轮祭坛，那里似乎发生了一些不寻常的事情。哎，终于完了，真是麻烦，再见了各位。”
智紧锁眉头，意识到情况的严重性：“看来问题就出在那边，我们得去看看。”他们迅速行动，不久便抵达了波尼岛的日轮祭坛。在那里，格拉吉欧已经等候多时，他的脸上写满了严肃。格拉吉欧：“智，你们终于来了。”智急切地问：“格拉吉欧，这里到底发生了什么事？”格拉吉欧摇了摇头：“具体情况我也不清楚，银伴战兽突然变得异常恐惧，我便过来调查一下。”智追问：“那你有发现什么线索吗？”格拉吉欧示意他们跟随：“你们跟我来。”他们跟随格拉吉欧穿过日轮祭坛的地下通道，最终来到了一个隐蔽的密室。墙上的壁画引起了众饶注意。智惊讶地指着壁画：“这是光辉大神？”卡奇仔细观察后：“这壁画上的图案和毒贝比画的一模一样。”智恍然大悟：“看来毒贝比是在引导我们来到这里。”
就在这时，外面的宝可梦们发出了警惕的叫声。智和众人立刻冲出去，只见一个究极之洞正在不断扩大。从洞中，索尔迦雷欧和露奈雅拉飞了出来，它们看起来异常疲惫。智疑惑：“是它们两个，但是它们不应该在这里。”
紧随其后，一只全身漆黑的宝可梦出现了，它散发出的压迫感让在场的每个人都感到不安。智：“这是什么宝可梦，感觉它在追赶索尔迦雷欧和露奈雅拉。”格拉吉欧看着自己躁动不安的银伴战兽，沉声：“看来这只漆黑的宝可梦就是这一切的罪魁祸首。”玛奥观察着这只宝可梦：“它的样子像是正在吸收索尔迦雷欧和露奈雅拉的能量。”智坚定地：“我们得帮助它们，各位，我们上。”他们迅速乘上直升机，跟随索尔迦雷欧和露奈雅拉来到了美乐美乐岛。在这里，黑色的宝可梦开始攻击露奈雅拉，但被卡噗鸣鸣及时挡下。智：“是卡噗鸣鸣，它也来帮助索尔迦雷欧和露奈雅拉了。”随后，露奈雅拉和索尔迦雷欧也开始反击，与黑色宝可梦展开了激战。智：“各位我们也上。”智他们随即也派出宝可梦加入战斗，但黑色宝可梦的反击异常猛烈。直升机紧急迫降，智他们迅速跑下直升机，继续指挥作战。
希特隆突然喊道：“各位看它那个背上，图案就是壁画上的图案啊。”智疑惑：“难道，这只宝可梦是光辉大神？但是它为什么要攻击索尔迦雷欧和露奈雅拉啊？”正当众人讨论时，露奈雅拉被这只黑色的宝可梦抓住，并且持续被吸收能量。智焦急地指挥：“我们得阻止它，继续攻击。”攻击再次如雨点般落在黑色宝可梦的身上，但是效果甚微。
然而，出人意料的情况发生了，黑色宝可梦吸收完能量之后，突然解体，然后附着在露奈雅拉的身上，形成了一只全新的宝可梦。正当众人惊讶于露奈雅拉被附身时，一发电磁网出现，抓住了这只宝可梦。智：“这又是从哪里来的？”他注意到了标志，“这个标志，是火箭队。”此时飞船开始移动，带着被附身的露奈雅拉逐渐离开。智坚定地：“不能让他们就这么跑掉。”他的眼神中闪烁着决心，准备采取行动。
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