在朱载坖的支持下，严世蕃调动官军和地方卫所的军士们对涉案的士绅官吏进行大规模的抓捕，同时朱载坖对于涉案官吏比较多的地方和衙门的主官予以严厉申斥，尤其是盐政衙门，对于总理盐政庞尚鹏，朱载坖予以严厉申斥，同时给予处分，令庞尚鹏革职留任，以观后效。
同时东南的州县很多长官也因为治下不严而被吏部予以处分，对于这种情况下，东南的州县正印也不敢怠慢，赶紧配合严世蕃等人对于这些涉案的官吏、豪强，该抓捕的抓捕，该查抄的查抄。
而内阁首辅张居正则是迅速将朱载坖上疏，他认为朝廷不仅仅要是打击处理这些豪强们，更加重要的是要避免此类事件的再次发生，而张居正认为，导致这种情况不断发生，究其原因还是粮长制度的问题，张居正认为粮长制度其实是蒙古包税制的残余，在国初官吏缺少的情况下，当然可以把粮长制作为一个临时的替代方案，但是在朝廷已经有了成熟、完备的官僚队伍的情况下，再用粮长制就有些不合时宜了。
张居正请求撤销粮长制，改为有朝廷官吏直接向百姓收取赋税，朱载坖将张居正的奏疏下部议，户部是很支持这个方案的，粮长本来就是一种很模糊的存在，看似朝廷让粮长协助朝廷收缴、运输赋税，节省了很大一笔的行政开支，实则是朝廷把自己的权力让渡给了这些粮长们，使得他们在地方拥有了很大的特权，甚至可以和地方官府相对抗。
这些粮长们倚仗自己的种种特权，往往能够干预地方事务， 包揽打官司等，由此必定会造成对地方事务的非法干涉和对乡村司法权力的滥用。所以张居正向朱载坖建议，废除粮长制，由地方官府直接向百姓征缴赋税。
张居正的建议得到了户部的支持，朱载坖认为也确实是时候了，朝廷对于东南的控制已经加强了很多，已经能够有效的控制地方，所以朱载坖正式下诏，自即日起废除粮长制度，由地方官府直接向百姓征收赋税，同时有关粮长的一应特权也全部取消，和不同百姓一样承担朝廷的赋役。
而对于本案中涉及的豪强、官员们，刑部、大理寺、都察院三法司会审之后得出结论，钦差浙直观察使严世蕃和锦衣亲军所侦查搜集的证据基本属实，东南的豪强地主们与地方官吏、漕帮和漕运官吏、盐政官吏合谋盗卖朝廷漕粮，利用漕船的免税特权逃避钞关税收，同时勾结盐政官吏，贩卖私盐还有贩卖朝廷禁榷物资，豢养家丁私兵，擅自持有违制兵刃等事，罪证俱在，但是对于严世蕃所指控的谋逆大罪，三法司认为证据不够充分，不能够认定其谋逆。
对于三法司的上疏，朱载坖通过御批予以答复，朱载坖御批道：“彼辈勾连漕帮，心怀叵测，且暗结匪类，私藏军器等，虽无谋逆之情，然已有谋逆之行，如不严惩，国法何在？”
朱载坖和法司官员们的看法明显不一致，法司官员们是根据这些人犯的口供认为他们主观上没有谋逆的意图，故而认定他们不构成谋逆大罪，但是朱载坖认为，虽然他们主观上也许并没有谋逆的心思，但是他们把持乡里，盗卖漕粮，私藏军器，同时与漕帮这样既有卫所军户背景又是江湖帮派社团的团伙向勾结，其行为已经对大明朝廷构成了威胁，所以必须以谋逆论处。
同时对于他们的量刑问题，法司从斩立决、绞立决、斩监候、绞监候到流、徒等刑拟定了详细的判罚，不过朱载坖认为这样的判罚太过于复杂了，而且对于涉案官吏的惩处不够严厉，朱载坖召集内阁和部院大臣们商量之后，决定对于这些涉案人员予以分门别类的处理。
第一类，涉案的豪强士绅们，首先一律抄没家产，三族流放缅甸或河套，对于直接参与制造妃闸覆船案和徐州水次仓失火案的，一律斩立决，在地方有欺男霸女，兼并土地，民愤极大的，也一律斩立决。
第二类，就是涉案的官吏，涉案的官吏分为两部分，第一部分就是直接参与两案或者帮助这些豪强们毁灭证据的官吏，不问情节，不分轻重，一律斩立决，端朱家的碗，砸朱家的锅，这种人是绝对不能容忍的，不仅要斩立决，抄没家产，还要将三族流放缅甸、哈密等处，第二部分是平时接受这些豪强贿赂，为他们盗卖漕粮、贩运私盐等大开方便之门的官吏，依照其受贿或者给朝廷造成的损失，按律严惩，同时将其中情节严重者妻子流放缅甸、哈密，情节一般者，举家流放大宁、辽东、河套等处。
第三类就是漕帮的这些所谓好老、头目，对于他们朱载坖可就没有这么客气了，官员们也认为应当予以严惩，首先是朝廷正式下达命令，将漕帮列入逆党之列，与白莲教享受一样的待遇，严令地方官府和锦衣亲军打击漕帮，对于其中的头目和骨干分子，一律予以正法，积极参与的，举家流放缅甸，同时以诏令的形式重申不准擅结帮会，以武犯禁，违者弊严惩不贷。
经三法司上奏，朱载坖御批之后的处理办法以急递的形式送达钦差浙直观察使严世蕃的手中，严世蕃也立即行动起来，该杀的杀，该流放的予以流放。
同时太子朱翊釴上奏，认为朝廷在此案中抄没的大量的土地，与其如没为官田，收一些田租，不如将这些土地出售给无地的百姓和佃户，变无地之流民为有产之良民，扩大朝廷的税源，朱翊釴的上疏得到了内阁和部院的支持，朱载坖随即下诏，责成太子朱翊釴负责办理此事，会同少府监、户部、东南地方官府等一起办理，务必使百姓得到实惠。
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