既然任命了经略和提督，朱载坖于是召集阁部重臣、参赞军务大臣和此次出征倭国的文武将帅一道，商量方略。
朱载坖这次召集臣子们，主要是商量征倭的方略，同时也让太子朱翊釴一道参与到军国大事的君策中来，朱载坖选择的这些人，徐渭、吴惟忠、李言恭都是熟悉倭情的人，李如松也是朱载坖着力培养的下一代大将，朱载坖今日就是想听听他们对于此次作战的看法。
首先发表意见的是经略徐渭，这位对于倭人可谓是十分的了解了，徐渭向朱载坖和重臣们介绍了自己的想法，他认为，这次要分为两个目的，第一是夺取并且占有佐渡岛，第二就是驻军越后，然后控制上杉景虎。
徐渭毫不掩饰自己的想法，他道：“陛下，殿下，倭国虽然贫瘠，但是所产金银、铜料、硫磺，皆我大明之所必须也，予不取，反受其咎，此赐之机，岂可轻纵？且倭人谋犯中华非一世也，当先发制人，永绝后患，勿遗后世之祸也！”
朱载坖对于徐渭的话深以为然，矮子长得丑但是想得美，现在倭国大乱，正是大明介入的好时机，朱载坖让徐渭详细介绍自己的方略，徐渭的看法是先去佐渡岛，作为大明介入倭国事务的跳板，然后在驻军越后，介入倭国事务，将佐渡岛纳入大明的管辖之内。
对于应该怎么在佐渡岛上建立大明的统治，徐渭的方式是很简单粗暴的，徐渭建议，将岛上的所有倭国领主、武士等全部诛杀，不留后患，只留下岛上的百姓，同时将岛上的耕地直接分给百姓们耕种，照大明律法起科就行了，然后从大明迁移百姓和卫所军士，分给土地耕种。
因为徐渭很了解倭国的赋税制度，和倭国比起来，大明的地主都算有良心的，倭国基本上没有自耕农，所有的田地都属于各级的贵族，而他们是怎么征税的呢？一般来，倭国实行三公二民的征收办法，也就是农民要将自己土地产出的五分之三上缴作为赋税，同时还要承担各种徭役和其他杂税，而且由于现在倭国出于混战之中，各大名混战，为了维持庞大的军队，更加要对手下的百姓横征暴敛了。
由于对农民的征税是按照各个大名自行制定的标准来的,七公三民,也就是缴纳七成的收获物在倭国也不算什么稀奇的事情，而且倭国的苛捐杂税比之大明是一点也不少，比如段钱，领主行事及寺社营造用、以石高计，一般征收十分之一的收获物，还有栋别钱，就是修城、筑居用、以屋脊数计算。通常每间50～100文，一些穷兵黩武的大名甚至征收到200文一间，还有徭役、兵役等。
徐渭认为，要想使得大明迅速将佐渡岛控制起来，对于这些倭国的什么贵族、武士、僧热，只有一个办法，就是杀，杀干净之后将土地分配给岛上的百姓，计丁授田，同时从大明迁来军户，设置卫所、学校等，对岛上的百姓加以同化，没有这些旧贵族、武士的带头，就没人组织反抗大明，同时下层的百姓都得到了实惠，自然不会反抗大明，这样可以使得大明最快在佐渡岛建立起稳定的统治。
将佐渡岛作为大明征讨倭国的跳板，徐渭的方略就是速定佐渡岛，缓进越后，先让上杉景虎和上杉景胜拼一下，消耗掉他的实力，大明官军再出手，可以最大程度的控制住上杉景虎，将其作为大明的傀儡，对于徐渭的这个方略，朱载坖认为还是可行的。
朱载坖的看法就是朝廷对于倭国的经略不能急，因为现在朝廷不会在倭国方向投入大量的资源，还有就是战略目标要清楚，占领倭国并不是一个好办法，倭国值钱的就是他的金银铜等矿产资源，大明要的这些东西，而不是为了去将倭国占领，朱载坖没这个兴趣干这个事情，只需要控制一些关键的地方就行了。
朱载坖认为徐渭的这个方略相对是比较稳妥的，官军的稳扎稳打，缓步推进，同时投入也要收获回报，不能无限制的投入下去，否则的话朝廷是吃不消长期在海外大规模驻军的开支的。
除了方略之外，徐渭和吴惟忠等人还商量了具体的行军计划，水陆并进，水师先行，官军步卒、骑兵从大明出发，赶赴朝鲜，从朝鲜奔赴佐渡岛，同时朝廷水师和王直的船队先行一步，首先控制对马海峡制海权，然后转运粮秣到朝鲜囤积，官军大军从朝鲜出发，第一批由五千步卒组成，吴惟忠亲自指挥，目的是夺取兵占有佐渡岛，然后再以佐渡岛为攻击出发阵地，将官军大军和所需的粮秣给养从朝鲜转越佐渡岛，然后再发兵越后。
对于徐渭和吴惟忠所拟定的计划，重臣们都没有什么意见，朱载坖也表示同意，朝廷已经传令朝鲜，为官军营建仓库，方便官军征讨倭国，这次是大明首度以水师为主的跨海作战，不仅官军的水师、王直的船队要参与进来，为了转运大军以及随军的战马、粮秣、军器等物，朝廷还要雇佣大量的民间海船为朝廷服务，所以朱载坖将上杉景虎进贡来的金三万两，银三十五万两拿出来，铸成银钱共七十二万，充作军费。
同时官军也不能闲着，在倭国作战，要进行针对性的训练，戚继光、俞大猷等人要对赴倭作战的官军进行临战训练，戚继光主要负责阵法，以鸳鸯阵、三才阵等为主，而俞大猷则主要负责官军的单兵武艺，针对倭军的特点，有目的的进行训练。
还有甲擘强弩、燧发火铳等军器的装备，这次官军不但携带正常装备的三斤、四斤、六斤火炮，津铸炮厂的最新力作，十二斤青铜炮爷携行十二门，给倭国矮子们长长见识，这也是官军能够携带的最重的火炮了。
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