不过造反不相信眼泪。樊崇迅速组织政府机构。三公九卿班子一并齐全。樊崇很谦虚，只给自己挂了个御史大夫的职务。徐宣为丞相、逢安为左大司马、谢禄为右大司马。
刘侠卿为刘盆子制绛衣赤帻，轩车大马，使得服御乘坐。但刘盆子反视其为不便，依旧偷穿旧衣，与一群牧儿一起出外玩耍。最后逼得刘侠卿只能将其锢居一室，不准出入。樊崇等人也不常去问候，不过假借其名，号召下罢了。
但不管如何，一切已准备就绪，赤眉军就要攻打长安城了！
7月5日，刘秀封年仅24岁的邓禹为大司徒、酂侯，食邑万户。接着就要选大司空和大司马。刘秀根据助他称帝的那《赤伏符》上的谶语“王梁主卫作玄武”11日，封王梁为大司空。还准备依谶语封一个名不见经传的平狄将军孙咸为大司马，这下众人都不干了。于是16日，吴汉被封为大司马。景丹为骠骑大将军、耿弇为建威大将军、盖延为虎牙大将军、朱祜为建义大将军、杜茂为大将军。
伏湛曾被刘玄任命为平原郡太守。当时下大乱，伏湛却将平原郡治理得平平安安。刘秀此时便也让伏湛担任尚书，让他典定旧制。同时又因邓禹西征在外，刘秀拜伏湛为丞相司直，代邓禹行大司徒事。
邓禹在河东郡汾阴县渡过黄河，进入对岸的左冯翊夏阳县，并在衙县杀败刘玄手下的左辅都尉公乘歙的十余万兵马。
元氏王刘歙的从弟刘茂在河南郡的京、密二县之间自称厌新将军，后攻下颍川、汝南二郡，有众十余万。刘秀命景丹、耿弇、陈俊前去攻打。最后刘茂投降，被封为中山王。
7月，刘秀来到河内郡治怀县。命耿弇、陈俊屯军五社津，防备成皋、荥阳以东的敌军。再命吴汉率朱祜、岑彭、贾复、坚镡等11位将军，将朱鲔的洛阳城团团围住。8月，刘秀再进至河内郡河阳县。刘玄所封的廪丘王田立投降。
8月，李松从掫城回兵，与赵萌一起猛攻长安。连战月余，终于把王匡、张卬等人赶了出去。刘玄重回长信宫。然而正当刘玄沉浸于胜利的喜悦中时，一片恐怖的压城之云，已飘向了长安城。
这片黑云，不是邓禹大军，而是赤眉的虎狼之师！赤眉军已杀到了长安城东北、左冯翊的高陵县。王匡、张卬直接投降，然后帮助赤眉军一起攻打长安城的东都门。李松出战，被生擒。李松之弟李况是城门校尉，他主动打开城门，迎接赤眉军进城。
9月，赤眉军进城。刘玄单骑从厨城门再次逃出长安城。刘盆子的大哥、被刘玄封为式侯的刘恭因赤眉军拥立的是他三弟，不得不自系诏狱，等待刘玄发落。可现在刘玄都逃走了，刘恭只能带着枷锁来见定陶王刘祉，由刘祉为他除去枷锁。两人一起沿着渭河去追奔刘玄。
刘玄任命的右辅都尉严本此时心怀叵测，欲将刘玄献于赤眉以邀功。于是便以带兵保护为名，将刘玄劫至高陵县，派兵日夜监守。刘玄手下的将领纷纷投降赤眉军，只有丞相曹竟不降，被杀。
消息传来，刘秀很是厚道，6日专门下了一道诏书：封刘玄为淮阳王。且发表声明，如有敢胆诛杀刘玄者，以大逆罪论处；如有护送刘玄到我这边来的，将赐爵封侯。
19日，刘秀下诏：名冠下，当受下重赏。故封已70多岁的卓茂为百官之首的太傅、褒德侯。
刘秀尽管登基称帝了，可他还缺个像样的首都。而举下之大，唯有两个地方最有王气：长安就别想了，刘秀只一心想着能定都洛阳。
此时，洛阳城已被团团包围，迟早会落到刘秀手里。可这个‘迟早’到底是什么时候呢？刘秀也不知道。转眼数月过去了，看着洛阳城里的朱鲔还在顽守，老实：刘秀还真着急了！
人性都是有弱点的。只要抓住其弱点，便可事半功倍。就像对付李轶那样，不费一兵一枪就把他干掉了。那眼前这个朱鲔，到底用什么办法能搞定他呢？这时，刘秀想到了一招：既然朱鲔不吃硬的，何不试着喂他吃软的？刘秀就想到了一个人。
刘秀把岑彭召来“你现在是我的廷尉，但以前也曾是朱鲔的校尉。我派你个任务，前去降朱鲔”岑彭领命，来到洛阳城下，与城上的朱鲔彼此相望。岑彭对着城上滔滔不绝做了半思想工作。未了，朱鲔道“你讲的那些我都懂。可现在有两件事：1刘秀的大哥刘演是和我李轶设计杀掉的；2我曾劝阻刘玄不要派刘秀去河北…如我现在投了刘秀，他会不会因忌恨这两件事而对我不利呢”
岑彭一想也对，这问题得先回去问问领导才校于是他转头便走，把这些话原封不动的转述给刘秀。刘秀道“你去告诉朱鲔：做大事者，不会把这些怨恨放在心上。只要他肯投降，我可保他官爵，更不会杀他了。有黄河作证，我刘秀绝不食言”
岑彭又跑回洛阳城下，把刘秀那番话对着城上的朱鲔喊了一遍。朱鲔听后，从城上放下一条软绳做的梯子，对着城下喊道“岑彭，如你的是真的，就爬上来跟我好好谈谈”
岑彭望着绳梯，稍稍一愣，然后抓住绳子就要爬上去。这时，只见朱鲔在城上仰大笑“行了，你不必上来了。我相信你”朱鲔告诉岑彭：他愿意投降，五后一定亲往去见刘秀。
五后26日，朱鲔真的出城了。但出发前，朱鲔命令诸将守守城池“你们一定要看好洛阳城。若我此趟我不能回来，你们就率军杀出轘辕关，去颍川郡投奔郾王尹尊”
到底，朱鲔还是不太信任刘秀。他叫人将自己五花大绑，和岑彭一道去见刘秀。刘秀亲自为朱鲔松绑，酒宴侍侯。又命岑彭当夜里，把朱鲔安全的送回洛阳城。
这就是成大事者的胸怀，朱鲔彻底服了！第二，他与苏茂等将军打开洛阳城门，率众出降。被封为平狄将军、扶沟侯。
紧接着，侍御史杜诗奉命进城，安抚洛阳百姓，禁止军士侵掠。将军萧广纵兵为虐，杜诗颁示谕旨，令其严明军纪。萧广不听，被杜诗当场格杀。刘秀知道后，特意召见杜诗，赐以棨戟。从此骄兵悍将并皆敬惮，不敢为非。洛阳于是大安。
10月18日，刘秀进入洛阳，幸南宫却非殿并下诏正式定洛阳为东汉王朝的首都！
搞定了洛阳，接下来就看邓禹怎么拿下长安城了。但实话实，现在的长安城简直乱透了，仅凭邓禹一人，恐怕收拾不了长安城那个巨大的烂摊子！
刘秀的诏书已下了一个多月，淮阳王刘玄还在躲着，对刘秀诏书睬都不睬。这时赤眉军也以刘盆子的子名义发布了一个诏书“二十内限刘玄投降，封长沙王。超过期限，不再接受”
此诏一出，刘玄心动了。好好的刘秀他不跟，竟要跟刘盆子。物以类聚，人以群分，这话还真没错。绿林和赤眉都是抢劫出身，凑到一起，也算是臭味相投了。
刘玄派刘盆子的大哥刘恭去跟赤眉军派来的谢禄谈牛双方很快达成协议。刘玄随谢禄去见了刘盆子：肉袒并奉上玺绶。樊崇拿到皇帝玉玺后，仰长笑，转身离去…完了！刘玄被甩在空荡荡的庭子中，心中充满恐惧。凭着职业嗅觉，他闻到死亡正向他迎面扑来！
前面过了：赤眉军来攻打长安，不过是黑吃黑。此次，樊崇以长沙王为饵，诱刘玄投降，就是为了传中的皇帝玉玺。只要那个玩意儿一到手，刘玄还有活着的价值吗？
樊崇离开后，赤眉将领们便准备立即将刘玄杀了。这时，刘恭急忙追上樊崇，大声吼道“如你今杀了他，我也就死在你的面前”尽管刘盆子是个傀儡，但其兄的这一声怒吼，总算将樊崇吼明白了。做人可以无耻，但不能这么无耻！过桥拆河，见利忘义，真的不厚道啊！
樊崇拍拍脑袋，突然有点不好意思了。良久，只见他抬头道“好吧，那就赦免刘玄，封为畏威侯”但刘恭仍坚持前议。在刘恭的要挟下，樊崇终于同意封刘玄为长沙王。
并让刘玄住在谢禄那里，由谢禄负责保护。当然，刘玄最重要的保护神还是刘盆子的大哥刘恭。只是刘玄的命也只有最后的一个多月了…
刘玄侥幸躲过一劫。但躲得过今，躲得过明吗？躲得过明枪，又能躲得过暗箭吗？一想到这，他心都凉了半截。他坚信：在历史角落的阴暗处，埋伏着一批暗箭高手，迟早会朝他背后射来…
刘玄想对了。的确在赤眉军队伍里隐藏着一批放冷箭高手。他们正是那些曾在皇宫里跟刘玄大打出手，被赶出长安城后投奔赤眉军的将领。比如新市兵的首领王匡就是其中一个！
王匡很冤。做坏事的都是他的部将。然而啥坏事，人家想都栽到他头上来。没办法，他是领导，没他点头，那帮人能乱来吗？所以不管王匡是不是这样想的，可人家就是这样想的。由此也可见：乱世领导，还不是一般人能当的！当然，王匡是投了赤眉，可没有人用哪只眼清楚看到，他要给刘玄放冷箭。倒是有人看见张卬要投暗枪了。张卬是下江兵的将领，他的首领王常，曾跟刘演是一伙的。
现在的长安就一个字：乱！外乱里也乱。长安郊区三辅地区的老百姓们扎营驻军，与赤眉军为敌，发誓要把刘玄抢回来。
百姓们看不惯赤眉，主要还是赤眉军的内部管理太乱了。士兵们上了长安街，只要是顺眼的东西，就都是自己的！出门在外，不抢白不抢。什么复兴汉室，通通都是扯淡。
事实上，赤眉军刚刚起来闹革命的时候，还是有点理想的。曾打出这样一个口号“杀戎命，伤人赔偿”然而多年过去，人一阔脸就变，早把那些革命口号抛到九霄云外去了！
多年来，长安百姓们实在没碰到过一支不偷不抢的仁义之师。然而突然有一，长安郊外传来一惊动地的消息：来了一支部队，他们不拿群众的一针一线！
百姓们奔走传告，为亲眼一睹传中的正义部队，家家携老带幼，奔到路边候迎。来了一看，果然是一支纪律严明的部队。而这支部队的领导人就是邓禹！邓禹大概做梦也没想到自己竟这么倍受欢迎。路上到处都是革命粉丝，到处都有人喊着要加入革命队伍。平均每都有上千人加入，部队很快膨胀至百万之数。邓禹名震关西！
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