名士们对这一变故显得有些措手不及，他们显然低估了董卓的能力。不过名士的立场还是很鲜明，他们都是反对董卓的，其少壮派的代表人物袁绍、袁术、曹操离开了京都洛阳以寻求发展。
董卓上台以后，废少帝、立献帝这可能是他名声臭的最主要原因了。
其实当时的情况下，换了谁控制东汉政府都不会把皇帝当回事。因为东汉政府已经是一块朽木，不再有重生的可能，当时喊着振兴汉室的不是伪君子就是书呆子。
董卓废少帝立献帝有其充足的理由。少帝为何太后所生，献帝为王美人所生，董太后所养，董卓与董太后是远亲。
何太后的弟弟何苗死在董卓手里，与董卓势如水火，而且在东汉太后有摄政的权利。董卓废少帝杀何太后一方面是为了自保；另一方面立献帝以外戚身份辅政就名正言顺了。董卓废少帝立献帝完全是形势使然，是无可厚非的。
董卓控制政府后一个最大的问题就是如何处理与名士的关系。
他的做法与何进差不多，拉拢名士。他所提拔的人也与何进提拔的大同异，但名士并不买账。本来他们就不服中央政府的管，更现在何况控制中央政府的是董卓这样“久习夷风”的“边弊之人”，于是他们就可以名正言顺的自立了。
恰恰是那些董卓提拔到地方任职的名士们结成了反董卓同盟军。双方的战争并没有分出胜负，盟军并没有动摇董卓的统治。但董卓认为将政府置于敌军附近比较危险，于是要将都城迁到他势力范围内的长安。但如果就这么走了，洛阳可能成为反董势力西进的根据地，于是他一把火烧掉了洛阳。虽
然这样做很残酷，但在战争年代，出于战略的考虑烧城也是很正常的。
董卓迁都长安后，守住潼关，拥有潼关以西的地盘，进可攻退可守，在战略上处于有利地位。事实上，在凉州军与关东军的冲突中，凉州军始终处于优势。
不过，在董卓接受了京都的奢靡生活后，他似乎已经被腐蚀掉了，他已经不再是一个剽悍的凉州武士，也不再有年轻时的抱负与冲劲了。
即使如此，关东军也不能把他怎样，董卓的覆灭是因为他没有协调好内部的矛盾。董卓的军队主要分为凉、并两派。凉州派有李傕、郭汜、胡轸、樊绸、张济等人，并州派主要有吕布、张辽、李肃、杨奉。次外，董卓麾下还有一孤独的名将辽东徐荣。
如前所，董卓利用吕布杀死丁原，兼并了并州军。
丁原死后，吕布成了并州军的首领。董卓是很信任吕布的，与他“誓为父子”，但并州与凉州兵的关系却十分紧张。
并州军被兼并，是不会完全甘心的，然而又处于被压抑的地位。而凉州军以胜利者自居，没有把并州军放在眼里，甚至对吕布也是如此。
董卓曾派胡轸为主将，吕布为副将攻打孙坚。胡轸扬言要杀了吕布以整肃军纪。不论胡轸是否会真的动手，他这种严重的挑衅必然会引起吕布和整个并州军的仇恨。
结果还没和孙坚交战，董卓的部队因为内讧不战自溃。这么大的事董卓肯定会知道，但他似乎并未采取什么措施以缓和凉州军和并州军的矛盾。也许他找不到什么好办法，也许在他看来象他们这样的武夫争执甚至斗殴并不是什么大不聊事，过去就没事了。
但吕布对凉州军的不满却与日俱增。董卓是个直率的人，他不会隐瞒自己的好恶。吕布曾经使董卓不满，董卓就拿起短剑向他掷去，吕布虽不敢发作却怀恨在心。而且吕布曾和董卓的婢妾私通，吕布内心更加不安。
在东汉政府身居高位，却对董卓阴怀不满如司徒王允等人看出并利用了这个矛盾。王允利用与吕布同乡的关系极力拉拢吕布，目的很明显，借刀杀人。
凉州军和并州军矛盾激化，吕布对董卓不满而又内心不安，加上王允的挑唆，吕布终于下定了决心杀掉董卓以自立。
王允、吕布利用凉州军主力在关东讨伐袁绍的机会，刺杀了董卓。董卓死后，并州军被凉州军赶到了关东。吕布在曹操的打击下灭亡，张辽率一部分并州军投降了曹操。凉州军在董卓死后没有统一的指挥，关中的凉州军在不断的内耗中渐渐消亡，宛城的张绣部也投降了曹操。
无论史籍还是，都喜欢对董卓的残暴无道大肆渲染，即使史籍上写的都是事实，也不能简单的否定董卓。
如前所述，董卓废少帝立献帝是出于政治上的需要，烧洛阳是因为战略上的需要。至于掳掠百姓这种事无论是西凉军、关东军或是黄巾军都会干。以今的眼光看，掳掠百姓是很不壤的，但在三国那种战乱时代却是很平常的事。
其实董卓被骂了一千多年，并非因为他的所作所为，主要是因为他是一个失败者。董卓生于凉州长于凉州，又没读过什么书，董卓虽是汉人，但他在性格上更象游牧民族而与中原文化格格不入。而董卓这样的“蛮夷”居然敢“挟子以令诸侯”，那些读书缺然对其恨之入骨，而历史正是由那些读书人写的。
同样是废皇帝，尹、霍却被人推崇。被蒙古铁蹄毁灭的城市和被残杀的百姓的数量绝对比凉州军毁、杀的更多。但却很少听人骂铁木真。如果董卓消灭了关东军统一了中原，那么历史对他的评价会决然不同。到时，自然会有大批的读书人为他歌功颂德。
而董卓残暴的行为也不会有人会管了。可惜董卓只是一介武夫。他在政治斗争和耍阴谋诡计方面比读书人差多了，所以会被王允和吕布除掉。对于一个失败者，他即使有功绩也会被抹杀掉。
但是，即使知道这一点，也不能董卓是个好人，他依然是秦烈前进路上必须要铲除的对手。他从陇西发迹到率军进京操纵中央政权，始终考虑和盘算的是如何满足私欲和野心。为了达到目的，董卓不择手段玩弄权术，践踏法律，破坏经济，残害人民，他的种种倒行逆施，造成了东汉末年政权的极度混乱，给国家和社会的稳定带来了巨大的破坏。
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