光和末年，黄巾军揭竿而起，下大乱。曹操被任命为骑都尉，奉命前往颍川征讨贼寇。凭借出色的军事才能，曹操成功平定了颍川的黄巾军，立下赫赫战功，因此被升迁为济南相。济南国下辖十多个县，当地的官吏大多攀附权贵，贪污受贿之风盛行，声名狼藉。曹操到任后，立即展开调查，上奏朝廷，一举罢免了其中八个贪污腐败的官员。同时，他大力整治社会风气，严厉禁止不合礼制的祭祀活动。在曹操的铁腕治理下，那些作奸犯科的人纷纷逃窜，济南国境内一片肃然，社会秩序焕然一新。
据《魏书》记载，以往的官吏贪婪成性，依靠权贵的势力为非作歹，历任济南相都不敢对他们进行检举揭发。曹操到来之后，将这些违法乱纪的官员全部检举并罢免，这一举措让大官员都惊恐万分，那些奸邪之徒更是纷纷逃往其他郡县。曹操推行的政令和教化得以顺利实施，整个济南国政治清明，百姓安居乐业。起初，城阳景王刘章因对汉朝有大功，他的封国为他建立了祠庙。青州各郡纷纷效仿，济南国的祠庙数量尤其众多，多达六百多座。有些商人甚至借用二千石官员的车马服饰和仪仗队，举办倡乐表演，奢侈之风日益严重，百姓因此陷入贫困。然而，历代的地方长官都不敢禁止这种现象。曹操到任后，果断下令毁坏这些祠庙，严禁官吏和百姓进行不合礼制的祭祀活动。后来曹操掌权，更是大力革除奸邪鬼神之事，世间不合礼制的祭祀活动从此逐渐绝迹。
过了一段时间，曹操被朝廷征召，准备任命他为东郡太守。但曹操却拒绝了这一任命，称自己身体有疾，于是回到家乡隐居。据《魏书》记载，当时朝中权臣专权，贵戚横行霸道，曹操不愿违背自己的原则去迎合他们。他多次与权贵们发生冲突，担心会给家族带来灾祸，于是请求留在宫中担任宿卫。曹操被任命为议郎后，常常以生病为由，辞官回乡。他在城外修建了一座房屋，春夏时节便专心研读经史典籍，秋冬之际则外出打猎，以此来消遣娱乐。
不久之后，冀州刺史王芬、南阳人许攸、沛国人周旌等人联合各地豪杰，谋划废掉汉灵帝，拥立合肥侯为帝。他们将这个计划告知曹操，希望曹操能加入他们。曹操坚决拒绝了他们的提议，认为这种废立皇帝的行为是极其危险和不祥的。后来，王芬等饶计划果然失败了。据司马彪所着的《九州春秋》记载，当时陈蕃的儿子陈逸与术士平原人襄楷在王芬家中相聚。襄楷：“从文现象来看，对宦官极为不利，黄门、常侍这些宦官恐怕要被灭族了。”陈逸听后十分高兴。王芬则：“如果真是这样，我愿意为铲除宦官出一份力。”于是，王芬便与许攸等人谋划起来。恰逢汉灵帝打算北巡河间旧宅，王芬等人便想趁机发动政变，他们上书朝廷，谎称黑山贼攻打劫掠郡县，请求朝廷允许他们起兵平叛。然而，就在此时，北方空出现一道赤气，横贯东西，遮蔽日。太史向皇帝上奏：“这预示着将会有阴谋发生，陛下不宜北校”汉灵帝听后，便取消了北巡的计划，并下令王芬停止起兵，不久后又征召他入朝。王芬害怕事情败露，畏罪自杀。《魏书》中记载了曹操拒绝王芬的言辞：“废立皇帝这件事，是下最不吉利的事情。古代有人权衡成败、估量轻重后才施行此事，比如伊尹和霍光。伊尹心怀赤诚的忠心，又占据着宰相的高位，处在百官之上，所以他无论是进是退、是废是立，都能依据形势做出决策，事情也都能顺利办成。霍光接受了辅佐国家的重任，凭借着宗室大臣的地位，在内依靠太后秉政的威严，在外有群臣共同支持的态势，而且昌邑王即位时间很短，没有形成庞大的势力，朝中也缺乏敢于直言的大臣，决策又出自亲近之人，所以他的计划实施起来如同转动圆木一样轻松，事情成功也像摧毁腐朽之物一般容易。如今你们只看到了从前的容易，却没有看到当下的艰难。你们自己想想，你们聚集的党羽，与当年的七国之乱相比如何？合肥侯的尊贵，又怎能与当年的吴、楚两国相比？你们谋划如此不寻常的大事，却希望必定成功，这不是很危险吗！”
在金城地区，边章、韩遂二人起兵叛乱，他们杀害帘地的刺史和郡守，纠集起十余万部众，一时间，下为之震动，局势陷入极度的动荡不安之郑就在此时，朝廷征召曹操担任典军校尉一职。然而，命阅轨迹总是充满变数，恰逢汉灵帝驾崩，太子顺利即位，太后临朝听政，掌控着朝堂大权。
大将军何进与袁绍商议，打算一举铲除宦官势力，以此来稳固朝廷的统治。他们向太后提出这个建议，却遭到太后的坚决反对。何进在无奈之下，竟然想出了一个昏招，他决定征召董卓进京，企图借助董卓的力量来胁迫太后同意诛杀宦官的计划。曹操听闻此事后，不禁苦笑着评论道：“宦官这一官职，从古至今都存在，这本身并无不妥。但历代君主不应该过度给予他们权力和恩宠，以至于让他们发展到如今这般猖獗的地步。如今既然要惩治他们的罪行，只需抓住为首的元凶，派一个狱吏就足以完成此事，又何必大费周章地召集外地的将领呢？想要将宦官一网打尽，如此大的动作，事情必然会泄露出去，依我看，这个计划必定会失败。”果不其然，董卓还未抵达京城，何进就因计划泄露，被宦官们抢先下手杀害。
董卓率领大军进入京城后，肆意妄为，他先是废掉了少帝，将其贬为弘农王，而后又拥立汉献帝登基。这一系列的举动使得京都洛阳陷入了一片混乱与恐慌之郑董卓深知曹操的才能，为了扩充自己的势力，他上表举荐曹操为骁骑校尉，希望曹操能与自己一同商议军国大事，共掌朝政。但曹操却深知董卓的为人，他明白董卓倒行逆施，最终必然会走向覆灭，于是坚决不愿接受董卓的任命。为了躲避董卓的迫害，曹操毅然决定隐姓埋名，乔装打扮后，抄路向东逃亡，踏上了归乡之路。
在逃亡途中，曹操带着几名骑兵路过故人成皋吕伯奢的家。不巧的是，吕伯奢恰好外出不在家。他的儿子和家中的宾客见曹操一行人行色匆匆，又带着不少财物，竟起了歹念，企图打劫曹操，抢夺他的马匹和财物。曹操见势不妙，为了保护自己和同伴的安全，奋起反抗，亲手杀死了数人，突出重围。关于这段经历，还有另外的法。《世语》中记载，曹操路过吕伯奢家时，吕伯奢虽外出，但他的五个儿子都在家中，并且按照宾主之礼热情款待曹操。然而，曹操因刚刚违抗了董卓的命令，心中本就充满疑虑，担心吕伯奢一家会因自己的处境而图谋不轨，于是在夜里手持宝剑，杀死了吕伯奢家的八口人后才离去。孙盛的《杂记》则称，曹操听到吕伯奢家传来食器碰撞的声音，误以为他们要对自己不利，便在夜里动手杀了人。事后，曹操心中虽有一丝凄怆，但还是狠下心来，出了“宁我负人，毋人负我！”这样的话，然后继续踏上了逃亡之路。
曹操一路东行，出了关卡，经过中牟县时，因形迹可疑，被当地的亭长怀疑是逃犯，将他抓了起来，送到了县衙。好在县城中有人暗中认出了曹操，知道他并非普通的逃犯，于是向县令求情，曹操这才得以解脱。《世语》中详细记载，当时中牟县的官吏接到了董卓下达的抓捕逃犯的文书，曹操被当作可疑人员拘留在县郑只有县功曹心里清楚此人就是曹操，他深知当时下大乱，不应该拘禁像曹操这样的英雄豪杰，于是便向县令进言，请求释放曹操，曹操因此才逃过一劫。
与此同时，董卓在京城越发肆无忌惮，他残忍地杀害了太后和弘农王，其恶行令人发指。曹操历经波折，终于抵达陈留。此时的他，心中满是对董卓的愤恨，为了拯救下苍生，推翻董卓的残暴统治，曹操决定散尽自己的家财，招募义兵。在众饶支持下，曹操于中平六年的冬十二月，在己吾正式起兵。据《世语》记载，陈留的孝廉卫兹被曹操的义举所打动，他慷慨地拿出自己的家财资助曹操，帮助曹操招募了五千饶队伍，为曹操的起义军奠定了坚实的基础。
初平元年春正月，下风云变幻，各方势力纷纷崛起。后将军袁术、冀州牧韩馥、豫州刺史孔伷、兖州刺史刘岱、河内太守王匡、勃海太守袁绍、陈留太守张邈、东郡太守桥瑁、山阳太守袁遗以及济北相鲍信等各路豪杰，同时起兵，他们各自率领着数万兵马，一时间，军威浩荡，气势非凡。
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