此时李自成的大顺政权才刚占领大明皇城后，看着昔日强大的大明王朝竟然被自己所得，于是李自成本人不仅有些骄横自大，于是个人欲望变得越发膨胀，再也没法约束手下大将和士兵 ，于是自刘宗敏之下彻底的放纵了自己。
其军师诸葛玄清眼见李自成如此，于是竭力苦劝：“大王，如今兵荒马乱，百姓流离失所，关外清兵日渐强大，希望大王要以下百姓为重，如今百废待兴，大王你怎能如此放纵。”
此时李自成再也听不进任何忠告 ，于是道：“军师你多虑了，安内必先攘外，现在正好是与清兵和吴三桂决一死战的时候了！”
诸葛玄清眼见李自成如此，只得仰长叹：“不肯听我忠告，倾刻必亡！”于是向李自成请辞，大王，臣已老迈，恳请大王准予微臣告老还乡！”
既然这样，你请自便，于是诸葛玄清离开李自成云游下去了，李自成望着诸葛玄清离去的背影，冷哼一声，便召集刘宗敏等将领商议与清兵和吴三桂决战之事。刘宗敏等人本就肆意妄为惯了，纷纷叫嚷着要大干一场。
不久，李自成便率领大军出征。然而，他的军队因之前的放纵，军纪涣散，战斗力大不如前。而吴三桂联合清兵，早已做好了充分准备。
决战之际，大顺军刚与敌军交锋，便阵脚大乱。清兵铁骑如猛虎下山，吴三桂的军队也配合默契，大顺军节节败退。李自成在阵中惊惶失措，试图稳住局面，却已无济于事。
兵败如山倒，李自成带着残兵败将狼狈撤退。此时他才追悔莫及，想起诸葛玄清的忠告，可一切都已太晚。皇城内外人心惶惶，大顺政权岌岌可危，一场更大的危机正悄然降临。
此时吴三桂早已经与清兵勾结，昔日古之雄关险（山海关）竟然成为了满清入侵中原的一道大门。
山海关外，吴三桂正和满清四大股肱大臣索尼、苏克萨哈、鳌拜、遏必隆等人推杯换盏，五人相谈甚欢，索尼站起来道：“吴将军，我主顺治皇帝、皇太后孝庄已经给吴将军承诺，只要吴将军协助我们打败李自成入主中原，就封将军为镇南王，吴三桂听后大喜过望，道：“一切全凭清帝圣王和四位将军安排，吴某定当全力配合！”
此时满清数十万骑兵在索尼四饶带领下如猛虎下山直扑山海关内李自成部，李自成部由于军心涣散，面对强大的清军，几乎一触即溃，李自成看着溃败的军队，心急如焚，却又无可奈何。就在他以为大势已去之时，空突然乌云密布，一道奇异的光芒闪过。原来是隐居的诸葛玄清察觉到李自成有难，施展法术召唤出了上古神兽助阵。神兽周身散发着神秘的气息，所到之处，清军纷纷败退。大顺军见状，士气大振，重新集结起来，开始反击。吴三桂见局势不妙，想要撤退，却被神兽拦住了去路。鳌拜等四大股肱大臣也被神兽的威力震慑，不敢轻举妄动。然而，这只是暂时的转机。清军很快调整了战术，利用火器攻击神兽。神兽虽强大，但也难以抵挡火器的连续攻击，渐渐体力不支。李自成明白这只是回光返照，长叹一声，带着残余部队继续撤退，思考着下一步的对策，而他也深知，想要挽回局面，难如登。
此时清兵实力强大，激战中，刘宗敏直接对上了大清第二巴图鲁鳌拜，二人战不及数十回合，鳌拜大喝一声：“刘宗敏那里逃，”势均力敌的开山刀以雷霆万钧之力劈下，将刘宗敏重伤。
李自成军队节节败退，山海关的另三股势力史可法、洪承畴和祖大寿也不敌清兵，一路向中原腹地败退，最后将三人包围在山海关北部半岛萨尔浒，绝望中洪承畴和祖大寿先后降清，只有史可法在师兄戴继宗、关德胜等饶保护下杀开一条血路，向南败退，史可法带着残部向南狂奔，一路上饥寒交迫，伤病不断。而清兵并未打算就此放过他们，一路紧追不舍。当他们逃至一处山谷时，突然两侧山上箭如雨下，原来是当地的土匪听闻有军队路过，想趁机打劫。史可法心中叫苦不迭，前有土匪，后有清兵，他深知今日怕是凶多吉少。就在这时，山谷尽头出现了一支神秘的军队，他们身着奇异服饰，手持古怪兵器，迅速冲散了土匪。原来，这是隐居在深山的神秘部族，他们一直守护着这片土地，看不惯土匪作恶。史可法向他们表明身份并求助，部族首领听闻是抗清的英雄，决定相助。他们带着史可法等人抄路摆脱了清兵的追击。史可法重整旗鼓，发誓一定要召集更多力量，继续与清兵对抗，守护中原百姓……
此时在辽东半岛漠城，一直等待时机的耿精忠、孔有德和尚可喜三人完全没有任何抵抗，直接投降了清军，一个封为靖南王、另外两个分别封为顺南王和平南王，随着时间清王朝的不断稳定，与吴三桂一起被封为“四顺王”，自此中原王朝在次落入异族统治，大明王朝统制长达三百年就此宣告结束，中原数千万黎民百姓在次陷入更加深重的苦难中，进入中原后，满清王朝终于露出了残酷无情的本性，大肆屠杀，同时也激起了数千万汉族同胞的强烈反抗，在这反抗的浪潮中，隐居多年的武林高手们也纷纷出山。他们组成义军，与史可法的军队遥相呼应。其中有位神秘剑客，剑术高超，专门刺杀清军将领，令清军闻风丧胆。而李自成在经历惨败后，并未一蹶不振。他在民间秘密组织力量，训练士兵，试图东山再起。他深知，要想对抗清军，必须先整顿军纪，重新赢得百姓的支持。与此同时，南明朝廷也在南方建立，他们虽内部矛盾重重，但在抵御清军这一点上达成了共识。各方势力逐渐汇聚，形成了一股强大的反清力量。一场决定中原命阅大战即将来临，究竟是满清继续统治，还是中原百姓重获自由，一切都在后续中！
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